Κυρίαρχο όργανο σε κάθε ομοσπονδία (και εν γένει μαζικό φορέα) είναι η Γενική Συνέλευση. Αυτή, βάση των κειμένων διατάξεων, έχει τον πρώτο και τελευταίο λόγο. Όμως η διοίκηση ασκείται από το Διοικητικό Συμβούλιο - στο πλαίσιο που έχουν καθορίσει οι αποφάσεις της Γ.Σ. -αφού δεν θα ήταν λειτουργικό να καλείται συνεχώς το σύνολο ή ένας μεγάλος αριθμός ανθρώπων, για να αποφασίσουν για κάθε θέμα που προκύπτει και να παίξουν επιτελικό ρόλο, ώστε να προωθηθούν τα θέματα της ομοσπονδίας.

  Το 11μελές εκλεγμένο ΔΣ της Ε.Ο.Γ.Κ.Φ., έχει τετραετή θητεία. Εκλέγει το προεδρείο, καταρτίζει τις επιτροπές, καθορίζει τις αρμοδιότητες των μελών και γενικά φροντίζει για την λειτουργικότητα της ομοσπονδίας. Επιμελείται κάθε θέμα που αφορά το Γουσού, καταστρώνει τα πλάνα δράσης και φροντίζει για την υλοποίηση τους, με γνώμονα την εξυπηρέτηση των στόχων της ομοσπονδίας, δηλαδή την καλλιέργεια και διάδοση του Γουσού.